CIR et CII : Primo-accédant, les bonnes questions à se poser
Par Olivia Cerveau-Reynaud, Directrice fiscale – Associée ABGi France
Lorsqu’on évoque le financement de l’innovation, les acronymes fleurissent souvent sans que l’on en saisisse immédiatement la portée concrète. Le crédit d’impôt recherche, ou CIR, et le crédit d’impôt innovation, ou CII, sont pourtant des leviers fiscaux importants pour les entreprises qui engagent des travaux de recherche, de développement expérimental ou, pour les PME, des opérations de conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits.
Il convient toutefois d’être précis : le CIR et le CII ne sont pas des subventions automatiques. Ce sont des crédits d’impôt déclaratifs. L’entreprise déclare, sous sa responsabilité, les opérations et les dépenses qu’elle estime éligibles, puis doit être en mesure d’en justifier la réalité, la nature et le montant en cas de contrôle. Les entreprises concernées déclarent notamment le crédit d’impôt au moyen du formulaire 2069-A-SD, disponible sur le site impots.gouv.fr.
Pour une entreprise primo-accédante, ces dispositifs peuvent constituer des leviers utiles pour structurer une démarche de R&D ou d’innovation. Mais l’enjeu n’est pas seulement de savoir si l’entreprise “innove” au sens courant. Il faut vérifier si ses travaux répondent aux définitions fiscales applicables au CIR ou au CII.
Le Guide du crédit d’impôt recherche publié par le Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Espace (MESRE), constitue un outil pratique d’analyse, mis à jour chaque année. Il précise toutefois qu’il ne se substitue pas aux textes législatifs, réglementaires ou aux instructions fiscales.
Les dernières données statistiques officielles disponibles portent sur l’année 2023. Elles sont indiquées comme provisoires, avec une extraction réalisée en avril 2025.
En 2023, la créance totale de crédit d’impôt recherche s’élève à environ 7,9 Md€, dont 7,3 Md€ au titre des dépenses de recherche, 500 M€ au titre des dépenses d’innovation et 31 M€ au titre des dépenses de collection. En 2023, 29 700 entreprises ont déclaré près de 27,0 Md€ de dépenses éligibles.
Toujours en 2023, environ 11 000 PME ont bénéficié du crédit d’impôt innovation, pour une créance moyenne d’innovation de 45 k€ par entreprise.
Pour le CIR, peuvent être concernées les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d’après leur bénéfice réel, sous réserve qu’elles exposent des dépenses de recherche éligibles. L’éligibilité n’est donc pas limitée aux seules sociétés soumises à l’impôt sur les sociétés.
Pour le CII, le champ est plus restreint. Le dispositif prévu au k du II de l’article 244 quater B du CGI est réservé aux entreprises qui satisfont à la définition européenne des micro, petites et moyennes entreprises. La qualité de PME doit être vérifiée avec attention, notamment en présence d’entreprises liées ou partenaires. La doctrine administrative précise que les données d’effectif, de chiffre d’affaires et de total de bilan s’apprécient à la date de fin du dernier exercice clôturé au jour du dépôt de la déclaration spéciale de crédit d’impôt.
Il faut également vérifier que l’entreprise déclarante n’est pas exclue du CII au regard des règles européennes relatives aux aides d’État. La doctrine administrative (ou BOFiP) précise notamment que ne peuvent pas bénéficier du CII les entreprises faisant l’objet d’une injonction de récupération d’aide non exécutée, ainsi que les entreprises en difficulté au sens du règlement général d’exemption par catégorie. Ce point doit être contrôlé avant toute déclaration de CII, en particulier en cas de capitaux propres dégradés, de procédure collective, de restructuration financière ou de difficultés significatives de trésorerie.
Cette objection est fréquente. La R&D fiscale ne se limite pas à des travaux de recherche fondamentale en laboratoire. Elle peut aussi couvrir des travaux de recherche appliquée ou de développement expérimental.
Pour l’application du CIR, les opérations de recherche scientifique ou technique comprennent la recherche fondamentale, la recherche appliquée et le développement expérimental. L’article 49 septies F de l’annexe III au CGI vise notamment les activités de développement expérimental effectuées au moyen de prototypes ou d’installations pilotes pour réunir les informations techniques nécessaires à la production de nouveaux matériaux, produits, procédés, systèmes ou services, ou à leur amélioration substantielle.
En pratique, le critère déterminant n’est pas l’ambition commerciale du projet, ni la difficulté ressentie par l’entreprise. Il faut établir un état de l’art et démontrer que les travaux visaient à lever une incertitude scientifique ou technique qui ne pouvait pas être résolue par la simple application des connaissances accessibles à l’Homme du métier. La doctrine fiscale rappelle que l’état des techniques existantes est la référence permettant d’identifier cette incertitude.
Il faut donc distinguer le projet de l’entreprise, qui peut être commercial, industriel ou logiciel, de l’opération de R&D éligible, qui correspond à la démarche scientifique ou technique conduite pour lever un verrou identifié.
Le CII répond à une logique différente du CIR. Il ne couvre pas toute forme d’innovation au sens courant. Sont éligibles les opérations de conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits, dans les conditions prévues par le k du II de l’article 244 quater B du Code Général des Impôts (CGI).
Un nouveau produit est un bien corporel ou incorporel qui remplit deux conditions cumulatives : il n’est pas encore mis à disposition sur le marché et il se distingue des produits existants ou précédents par des performances supérieures sur le plan technique, de l’éco-conception, de l’ergonomie ou de ses fonctionnalités.
La comparaison doit être documentée. La doctrine précise que la référence pour apprécier la nouveauté est constituée de tous les produits commercialisés par l’ensemble des entreprises du marché considéré à la date du lancement des opérations de conception. Les performances supérieures doivent être sensibles, observables et mesurables, par exemple au moyen de tests.
Le CII ne couvre donc pas les innovations de procédé, de commercialisation ou d’organisation. Il ne couvre pas non plus les innovations de service en tant que telles, sauf lorsqu’un bien corporel ou incorporel identifiable est lui-même éligible dans les conditions du dispositif.
Pour le CIR, le taux de droit commun est de 30 % sur la fraction des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 M€, puis de 5 % au-delà. Pour les dépenses exposées dans des exploitations situées dans les départements d’outre-mer, le taux applicable est de 50 % jusqu’à 100 M€, puis de 5 % au-delà.
Pour le CII, les dépenses d’innovation entrent dans l’assiette dans la limite globale de 400 000 € par an. Depuis les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2025, le taux de droit commun du CII est abaissé de 30 % à 20 %. En métropole hors régimes territoriaux spécifiques, l’avantage maximal est donc de 80 000 € par an, soit 400 000 € × 20 %.
Des taux majorés existent pour certaines exploitations situées dans les départements d’outre-mer et en Corse. La doctrine BOFiP mentionne notamment un plafond de crédit d’impôt de 240 000 € dans les DOM, 160 000 € en Corse pour les petites entreprises et 140 000 € en Corse pour les moyennes entreprises, sous réserve du respect des conditions applicables.
Les règles ont été modifiées pour les dépenses exposées à compter de 2025.
Pour le CIR, les dépenses liées à la prise, la maintenance et la défense des brevets et certificats d’obtention végétale, les dotations aux amortissements correspondantes et les dépenses de veille technologique sont exclues de l’assiette pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025. Le dispositif spécifique dit “jeunes docteurs” est également supprimé, et le forfait de fonctionnement applicable aux dépenses de personnel est abaissé de 43 % à 40 %.
Pour le CII, le dispositif est prorogé jusqu’au 31 décembre 2027, mais son taux de droit commun est abaissé de 30 % à 20 % pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2025.
Enfin, les subventions publiques à déduire des bases de calcul du CIR et du CII s’entendent des aides reçues à raison des opérations ouvrant droit au crédit d’impôt, versées par des personnes morales de droit public ou par des personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public.
Une demande sécurisée repose d’abord sur la capacité à relier chaque dépense à une opération éligible.
Pour le CIR, le dossier doit notamment documenter l’état de l’art, les incertitudes scientifiques ou techniques, les hypothèses testées, les essais réalisés, les échecs éventuels, les arbitrages techniques et les résultats obtenus.
Pour le CII, le dossier doit documenter le marché de référence, les produits existants ou concurrents, les performances supérieures revendiquées, les tests ou éléments de comparaison, les prototypes ou installations pilotes réalisés, ainsi que la frontière entre conception et production.
Dans les deux cas, le suivi des temps est un point de contrôle important. Il doit permettre de rattacher les temps passés aux opérations éligibles. Les CV, diplômes, contrats de travail, fiches de paie, contrats de sous-traitance, factures, livrables techniques, comptes rendus de tests, versions successives et preuves de réalisation doivent être conservés.
L’entreprise peut également recourir au rescrit pour sécuriser en amont l’éligibilité d’un projet. La demande doit être déposée au plus tard six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration de CIR. Pour un projet pluriannuel, elle doit intervenir au moins six mois avant le dépôt de la première déclaration relative au projet. Le rescrit porte sur l’éligibilité du projet de R&D et n’exclut pas, même en cas d’avis favorable, un contrôle sur les éléments comptables de la déclaration.
Le CIR et le CII sont déclaratifs. Cette logique déclarative ne signifie pas que l’entreprise peut retenir des dépenses insuffisamment documentées. L’administration fiscale peut demander tout renseignement relatif à la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR. Le MESRE peut initier un contrôle ou être sollicité par l’administration fiscale pour apprécier le caractère scientifique des travaux déclarés.
Un dossier circonstancié et complet réduit le risque de discussion ou de remise en cause par les organes de contrôle. Le remboursement d’un crédit d’impôt ne vaut pas validation définitive du CIR ou du CII.
En cas de contrôle, l’entreprise doit pouvoir produire un dossier technique et financier cohérent. Le dossier doit être rédigé par ou avec les personnes ayant effectivement conduit les travaux, et non seulement par une fonction administrative ou financière. L’objectif est de démontrer une démarche expérimentale ou une démarche de conception éligible, et pas seulement le résultat final du projet.
Le CIR et le CII sont déclarés au moyen du formulaire 2069-A-SD et de ses annexes. Le formulaire 2069-RCI-SD doit également être déposé par les entreprises qui déclarent des réductions ou crédits d’impôt ; il ne dispense pas du dépôt des déclarations spécifiques exigées pour certains crédits.
La notice 2069-A-NOT-SD millésime 2026 rappelle que les déclarations 2069-A-SD, 2069-A-1-SD, 2069-A-2-SD et 2069-A-3-SD sont obligatoirement télé-déclarées via la procédure EDI-TDFC.
Pour un primo-accédant, la bonne démarche consiste à ne pas partir du montant espéré, mais des travaux réellement réalisés.
Si ces réponses sont documentées, le CIR ou le CII peut être envisagé comme un levier fiscal pertinent. Si elles ne le sont pas suffisamment, la priorité doit être de structurer l’analyse technique et financière avant toute déclaration.
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